Conforme indicado no regimento do Programa, a cada quatro anos o PECIM tem sua sede administrativa e acadêmica alterada devido ao rodízio entre as Unidades acadêmicas que o compõem.
No início de suas atividades, ao longo dos primeiro quatro anos (de 2013 a 2016) o Programa teve como sede a Faculdade de Educação; posteriormente, o Instituto de Física (IFGW) acolheu o PECIM, permanecendo como sede ao longo de oito anos (de 2017 a 2024).
No ano de 2024, após reuniões entre diretores das unidades, pró-reitoria e coordenação do PECIM, foi estabelecida uma mudança em relação ao período de acolhimento do Programa e para a realização de futuros rodízios da sede administrativa e acadêmica. Como resultado, foi definiu-se o aumento do respectivo período de acolhimento do Programa em uma Unidade, passando para 8 a 12 anos a partir de 2025. A Faculdade de Educação (FE) e o Instituto de Física (IFGW) demonstraram interesse em acolher o PECIM no próximo e novo período de rodízio (de 2025 a 2033), sendo escolhida, a partir de consulta com a comunidade docente e discente do Programa, a Faculdade de Educação.
Assim, aguardamos o período de transição e mudança de Unidade para detalhar mais a respeito da infraestrutura e espaços do PECIM.
Também em 2024, foi concedido ao PECIM um espaço para sede física na Biblioteca Central do campus. As atividades a serem desenvolvidas e realizadas para aproveitamento desse espaço ainda não foram definidas. Um projeto, em desenvolvimento, pretende utilizar o espaço e organizar um Museu de Geociências para atividades de extensão e impacto social no local.